Trường cao học (graduate school): 大学院 daigakuin [đại học viện] gọi tắt là 院 in
Ngành học sau đại học gọi là 研究科 kenkyuuka [nghiên cứu khoa]. Một số trường sẽ gọi là 学府 gakufu [học phủ].
Ngành học sau đại học thì gồm có bậc học thạc sỹ (master's course) 修士課程 shuushi katei [tu sỹ khóa trình] và bậc học tiến sỹ (doctoral course) 博士課程 hakase katei [bác sỹ khóa trình].
Học thạc sỹ là 2 năm, học tiến sỹ là 3 năm. Đây chỉ là thời gian tiêu chuẩn, có thể thời gian sẽ lâu hơn nếu bạn không có báo cáo khoa học trên các tạp chí uy tín trong ngành.
Dòng chảy học tập tại Nhật:
Đại học 4 năm → Thạc sỹ 2 năm → Tiến sỹ 3 năm → Postdoc (sau tiến sỹ, vô thời hạn, có lương)
Nghiên cứu viên → Trợ lý giáo sư → Phó giáo sư → Giáo sư
Tại Nhật thì tiến sỹ không phải là chức danh mà giáo sư mới là chức danh. Thật sự là người Nhật chỉ dùng chức danh giáo sư (professor = 教授 kyouju [giáo thụ]) chứ không ai dùng chữ 博士 hakase = "tiến sỹ". Vì bạn có thể là tiến sỹ mà không phải giáo sư và thật ra, tiến sỹ thì nhan nhản như lá vàng mùa thu. Còn giáo sư thì bạn phải có công trình nghiên cứu và được hội đồng thẩm định.
Như vậy trở thành tiến sỹ thì tương đối dễ còn giáo sư thì khó hơn nhiều. Ở các nước nghèo thì người ta rất hay lạm dụng danh hiệu thạc sỹ, tiến sỹ nhưng theo tôi đây chỉ là khoe khoang những thứ chẳng đáng khoe.
Việc phân ngành, khoa bậc cao học thường là như sơ đồ dưới đây:

